Né à Sarrebruck, Dirk Boerner a étudié le piano au conservatoire de Strasbourg avant de se tourner vers la musique ancienne. Il a alors étudié le clavecin avec Andreas Staier et Jesper Christensen à la Schola Cantorum de Bâle où il clôt ses études par un diplôme de perfectionnement en 1996. Après avoir été finaliste de concours internationaux (Prague et Varsovie), il se produit comme soliste et continuiste dans des salles importantes et de prestigieux festivals.

Dirk Boerner est professeur d’improvisation à la Schola Cantorum de Bâle, et enseigne le clavecin, la basse continue et l’improvisation au Conservatoire National Supérieur de Musique et Danse de Lyon.